Linux вытеснил остальные ОС из рейтинга суперкомпьютеров Top500

Опубликован 50-й выпуск рейтинга 500 самых высокопроизводительных компьютеров мира. Новый выпуск рейтинга примечателен двумя важными событиями: Во-первых, Linux полностью вытеснил остальные ОС и теперь используется на всех представленных в рейтинге суперкомпьютерах. Во-вторых, наблюдается наращивание мощных вычислительных кластеров в Китае, которые активно вытесняют из рейтинга американские системы, число которых уменьшилось за полгода с 168 до 143, а число китайских систем возросло со 160 до 202. Примечательно, что всего два c половиной года назад в Китае было 37 кластеров, входящих в TOP500.

Continue reading «Linux вытеснил остальные ОС из рейтинга суперкомпьютеров Top500»

Семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности»

Продолжает свою работу семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности». Очередное заседание состоится в понедельник 30 октября в конференц-зале НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ (http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=place).

Напоминаем, что если у вас нет пропуска в МГУ, и ранее в этом семестре вы не предупреждали о своем желании посещать семинар, необходимо не позднее 25 октября (среда) сообщить свое полное ФИО письмом ученому секретарю семинара (sct@parallel.ru) с темой «Проход в МГУ на семинар». Это нужно сделать только один раз, в дальнейшем ваше ФИО будет вноситься в списки на проход автоматически на все семинары осеннего семестра. Обращаем внимание, что проход будет разрешен только через южный вход Второго корпуса МГУ и только во время работы семинара.

Программа семинара 30 октября 2017 г.

1. 16:30-17:15

Емельяненко К.А., н.с.
Емельяненко А.М., д.ф.-м.н., зав.лаб.
Бойнович Л.Б., академик РАН, г.н.с.
Институт физической химии и электрохимии им. А.Н. Фрумкина РАН

«Расчет ван-дер-ваальсовых взаимодействий в наносистемах с применением суперкомпьютерных комплексов»

Развитие методов моделирования поверхностных сил в наноразмерных системах, является одним из ключевых направлений в нанотехнологиях. С одной стороны, это связано с тем, что подходы, дающие точные количественные оценки явлений в тонких и ультратонких пленках, позволят существенно продвинуться в вопросе создания материалов с желаемыми свойствами, а с другой, позволят решить обратную задачу по определению поверхностных и объемных свойств отдельных частиц из макроскопических свойств дисперсий. Метод связанных осциллирующих диполей (CFDM), предложенный Рене и Нижбуром в середине прошлого века, лишь недавно получил распространение благодаря росту вычислительных мощностей. Данный метод позволяет рассчитать ван-дер-ваальсовы силы между наночастицами с учетом поправок на многотельные взаимодействия, а с использованием периодических граничных условий может быть распространен и для анализа протяженных систем, например, смачивающих и свободных пленок. В данной работе использовался микроскопический подход, учитывающий многотельные взаимодействия, для расчета Ван-дер-Ваальсовых сил в системах наночастиц разной формы и взаимной ориентации, а также в системах смачивающих и свободных пленок. На основе этого метода были изучены пределы применимости различных макроскопических и микроскопических методов, получены зависимости для взаимодействия в системах, ранее не изученных аналитически. На основе предложенного нами метода для моделирования объемных частиц и расчета избыточных энергий пленок были получены изотермы расклинивающего давления для пленок углеводородов на низкополярных подложках.

2. 17:15-18:00

Головин А.В., д.х.н., доцент, ФББ МГУ
Залевский А.О., аспирант, ФББ МГУ
Смирнов И.В., д.х.н., с.н.с., ИБХ РАН
Габибов А.Г., академик РАН, профессор, ИБХ РАН

«Вычислительный комбинаторный подход для создания фермента»

Абзимы — антитела, обладающие каталитической активностью. Сейчас некоторые онкологические заболевания лечат с помощью антител. Эффективность действия антител может быть повышена в тысячи раз при наличии ферментативной активности в белке. Ранее было найдено антитело способное к гидролизу пестицида, фосфорорганического соединения параоксон, который используется как безопасный прототип химического оружия. Используя комбинаторный подход к мутированию структуры, с помощью вычислительных методов молекулярного моделирования нам удалось из примерно миллиона мутантов отобрать 2 мутанта, эффективность которых in vitro была в 200 раз лучше, чем у исходного антитела. Оптимизация этого подхода позволяет перейти к фундаментальной задаче о переносе активного центра из природного фермента в антитело.

Как обычно, с 16:00 — чай, кофе.

Семинар: Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности

Очередное заседание состоится в понедельник 6 марта в конференц-зале НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ»

Напоминаем, что если у вас нет пропуска в МГУ, и ранее в этом семестре вы не предупреждали о своем желании посещать семинар, необходимо не позднее 2 марта (четверг) сообщить свое полное ФИО письмом ученому секретарю семинара (sct@parallel.ru) с темой «Проход в МГУ на семинар». Это нужно сделать только один раз, в дальнейшем ваше ФИО будет вноситься в списки на проход автоматически на все семинары весеннего семестра. Обращаем внимание, что проход будет разрешен только через южный вход Второго корпуса МГУ и только во время работы семинара.

Программа семинара 6 марта 2017 г.

1. 16:30-17:15

Беляев А.В., к.ф.-м.н., с.н.с. МГУ им. М.В. Ломоносова, с.н.с. ЦТП ФХФ РАН
Alfons G.H., Ph.D., профессор Университета Амстердама
Пантелеев М.А., д.ф.-м.н., профессор МГУ им. М.В. Ломоносова, зав.лаб. ННПЦ ДГОИ им. Д. Рогачева
Атауллаханов Ф.И., член-корр. РАН, д.б.н., профессор МГУ им. М.В. Ломоносова, зав.лаб. ННПЦ ДГОИ им. Д. Рогачева, директор ЦТП ФХФ РАН

«Исследование механизмов роста тромба с помощью компьютерного моделирования»

Клеточный гемостаз — система остановки кровотечений за счет агрегации клеток крови тромбоцитов в месте повреждения кровеносного сосуда. Но этот же механизм приводит к образованию тромбов и закупориванию сосудов. Цель данного проекта состоит в проведении многостороннего исследования адгезии и агрегации тромбоцитов и выявлении основных гидродинамических и физико-химических процессов, обуславливающих инициацию и остановку роста тромба в потоке крови. В работе используется математическое и компьютерное моделирование в сочетании с экспериментами по росту тромба in vitro и in vivo. Основу подхода составляет комбинация метода решеточного уравнения Больцмана и метода погруженных границ. Ключевую трудность составляет многостадийность процесса роста тромба и связанная с этим необходимость учета кардинально различных пространственно-временных масштабов: от сотен нанометров (при рассмотрении динамики адгезионных рецепторов) до миллиметров (при рассмотрении кровотока на масштабе системы сосудов) и от микросекунд до десятков минут. В связи с этим используется набор моделей, каждая из которых отвечает определенному уровню детализации системы. Перспективой работы является создание предсказательной многомасштабной трехмерной компьютерной модели гемостаза и тромбоза, разрешающей исследуемые процессы на клеточном уровне.

2. 17:15-18:00

Лукьяненко Д.В., доцент, Физический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова
Волков В.Т., доцент, Физический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова
Казачков А.О., студент, Физический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова

«Движущиеся фронты в двумерных нелинейных параболических уравнениях: применение асимптотического анализа для построения эффективных параллельных алгоритмов»

В докладе будет рассмотрен численно-аналитический подход к исследованию двумерных нелинейных сингулярно возмущённых параболических уравнений. Особенностью данного класса задач является наличие внутренних нестационарных переходных слоёв (движущихся фронтов), т.е. узких областей с большими градиентами решения. Корректное численное моделирование для задач подобного типа требует применения чрезвычайно густых сеток, что приводит с одной стороны к длительному счёту даже на многопроцессорных системах, а с другой стороны к накоплению дополнительных ошибок, связанных с погрешностями машинного округления. Все это может существенным образом отразиться на результатах соответствующих численных экспериментов.

Однако, практически важным в задачах данного класса может являться не моделирование полного решения, а лишь положения в пространстве движущегося фронта, что актуально, например, при решении задач химической кинетики и теории горения, в случае которых фронт соответствует области локализации реакции. В процессе реализации проекта на основе асимптотического анализа двумерной задачи разработана методика сведения исходного двумерного нелинейного сингулярно возмущённого параболического уравнения к набору более простых одномерных уравнений, описывающих положение фронта реакции. Это позволяет эффективно использовать методику параллельных вычислений для описания движения фронтов в пространственно-двумерных (и многомерных) моделях типа «реакция-диффузия-адвекция».

Как обычно, с 16:00 — чай, кофе.

Семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности»

Возобновляет свою работу семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности». Семинар в 2017 году будет проходить по понедельникам (1 раз в 2 недели) в конференц-зале НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ (http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=place). Первое заседание состоится 20 февраля (понедельник) 2017 г., 16:30.

Если у вас нет пропуска в МГУ, необходимо не позднее 16 февраля (четверг) сообщить свое полное ФИО письмом ученому секретарю семинара (sct@parallel.ru) с темой «Проход в МГУ на семинар».

Внимание! Предыдущие списки больше не действуют! Список на проход начинает формироваться заново, поэтому прислать ФИО нужно даже в том случае, если вы уже посещали семинар.

В дальнейшем ваше ФИО будет вноситься в списки на проход автоматически. Однако мы вынуждены периодически обнулять и актуализировать списки, о чем, конечно, всегда будем предупреждать. Проход будет разрешен только через южный вход Второго корпуса МГУ и только во время работы семинара.

Программа семинара 20 февраля 2017 г.

1. 16:30-17:15

Григорьев Ф.В., Кочиков И.В., Сулимов А.В., Кондакова О.А., Каткова Е.В., Сулимов В.Б., Тихонравов А.В.

Научно-Исследовательский Вычислительный Центр МГУ им. М.В. Ломоносова

«Суперкомпьютерное атомистическое моделирование оптических нанопокрытий»

Разработан метод атомистического моделирования процесса роста тонких пленок на основе классической молекулярной динамики с оригинальным силовым полем для расчета энергии взаимодействия между атомами. Впервые систематически изучено влияние технологических параметров процесса напыления на структурные и механические свойства пленок диоксида кремния толщиной до 100 нм. Моделирование проведено в Суперкомпьютерном Центре МГУ им. М.В. Ломоносова.

2. 17:15-18:00

Медведев М.Г., Лысенко К.А.

Институт элементоорганических соединений РАН

«Достоверность результатов расчётов методами теории функционала плотности»

В докладе будет рассмотрен разработанный нами способ определения достоверности результатов расчетов методами теории функционала плотности (ТФП). Основой ТФП является теорема Хоэнберга-Кона, согласно которой существует такой функционал (он называется точным), который (i) возвращает точную энергию системы по её точной ЭП и (ii) имеет минимум возвращаемой энергии в точной ЭП. Точный функционал известен, но слишком ресурсоёмок для практического применения, поэтому современная теория функционала плотности использует его аппроксимации. Энергетические тесты показывают, что по мере развития ТФП, аппроксимации всё лучше и лучше справляются с задачей вычисления относительных энергий систем. Однако, улучшение воспроизведения энергий молекул еще не говорит о том, что функционалы приближаются к точному: близость функционала к точному требует одновременного воспроизведения точной ЭП и, на основании неё, точной энергии.

Нами была изучена способность большого числа популярных функционалов (128 штук) к воспроизведению практически точной электронной плотности (RHO), ее градиента (GRD) и Лапласиана (LR). Было обнаружено, что в первые десятилетия развития ТФП воспроизведение энергий и ЭП синхронно улучшалось, но после 2005 года наметился перелом: среднее отклонение ЭП стало постепенно возрастать при сохранении тенденции к улучшению энергий.

Более детальное изучение полученных данных привело к выводу, что этот перелом обусловлен значительным возрастанием количества эмпирических функционалов с «мягкой» формой начиная с 2005 года. Эти функционалы продуцируют очень искажённую электронную плотность, однако заслужили широкую известность в квантовой химии благодаря их хорошим результатам для соединений, близким к включённым в их тренировочную выборку. Однако, наше исследование показывает, что эти функционалы ненадёжны, так как полагаются на компенсацию ошибок: они возвращают правильную энергию исходя из сильно неправильной электронной плотности. Эти функционалы не должны использоваться для квантовохимических расчетов нестандартных систем, в которых их компенсация ошибок может дать сбой, как, например, имело место в недавнем тесте функционалов ТФП. Функционалы, хорошо воспроизводящие и энергию и ЭП, могут считаться надёжными, к ним относятся: PBE0, B3PW91, B98, O3LYP, HSE06, TPSS и др.

Основные расчеты в данной работе были проведены на суперкомпьютерах Ломоносов и BlueGene/P.

Как обычно, с 16:00 — чай, кофе.

Опубликован стандарт параллельного программирования OpenMP 4.5

После двух с половиной лет разработки опубликован набор спецификаций OpenMP 4.5 (Open Multi-Processing), определяющих API и способы применения методов параллельного программирования для языков Си, Си++ и Фортран на многоядерных и гибридных (CPU+GPU/DSP) системах с общей памятью и блоками векторизации (SIMD). OpenMP 4.5 примечателен расширением средств для параллельного программирования на системах с аппаратными ускорителями и GPU, а также поддержкой распараллеливания циклов с хорошо структурированными зависимостями. Реализация OpenMP 4.5 уже почти завершена в GCC и будет представлена в выпуске GCC 6.0, а также уже началась в экспериментальной ветке Clang, в которой формируется выпуск 3.8.

Основные новшества OpenMP 4.5:

  • Значительно улучшена поддержка дополнительных аппаратных вычислительных устройств, таких как специализированные аппаратные ускорители. Реализованы механизмы для привязки к подобным устройствам операций с неструктурированными данными или асинхронного выполнения кода. Добавлены процедуры для управления памятью устройства, позволяющие выделять, копировать и высвобождать блоки памяти;
  • Представлен механизм «doacross loops«, позволяющий организовать распараллеливание циклов с хорошо структурированными зависимостями;
  • Новая конструкция «taskloop», позволяющая разделять циклы на задачи, избегая необходимости выполнения всех потоков внутри цикла;
  • Поддержка сокращения (редукции) массивов С/С++;
  • Новые механизмы hint-ов, через которые можно задать параметры выставления задачам относительных приоритетов и выбора предпочтительных средств синхронизации;
  • Поддержка привязки (affinity) потоков к заданным вычислительным устройствам;
  • Возможность распараллеливания многих приложений, написанных в соответствии со спецификацией Fortran 2003;
  • Поддержка расширений SIMD, в том числе возможность указать точное число обработчиков в потоке (метрика SIMD Width) и дополнительные атрибуты при обращении к общим данным.

Опубликована 46-я редакция списка самых высокопроизводительных суперкомпьютеров

Опубликован 46-й выпуск рейтинга 500 самых высокопроизводительных компьютеров мира. Как и в пяти предыдущих выпусках рейтинга пятёрка лидеров осталась неизменной. В десятке лидеров отмечено только два новых кластера, построенных компанией Cray: Trinity в лабораториях Министерства энергетики США и Hazel-Hen в Центре высокопроизводительных вычислений в Штутгарте (Германия). В общем списке отличился Китай, которые утроил свои позиции в рейтинге, в то время как число попавших в рейтинг кластеров США упало до минимальных показателей с 1993 года. Заслуживающим внимания изменением также является исчезновение из списка TOP500 кластеров на базе Windows.

Наиболее интересные тенденции:

  • Самый мощный отечественный кластер Lomonosov 2 сместился с 31 на 36 место в рейтинге. Кластер Lomonosov опустился с 78 на 96 место. Третий по производительности отечественный кластер Tornado опустился с 107 на 131 место. Всего в Top500 вошло 7 отечественных суперкомпьютеров, что на 1 меньше, чем в прошлом рейтинге. Для сравнения, в Индии 11 систем, в Южной Корее — 10. Существенно, с 37 до 109 увеличилось число систем в Китае;
  • Распределение по операционным системам, используемым на суперкомпьютерах (в скобках указано изменение по сравнению с прошлой редакцией рейтинга):
    • Linux — 494 (+6), 98.8%
    • Unix — 6 (-4), 2%
    • Смешанные — 0 (-1), 0%
    • Windows — 0 (-1), 0%
    • BSD — 0 (0), 0%

    Из Linuх-систем 66.2% не детализируют дистрибутив, 10.8% используют CentOS, 8.8% — SUSE , 8.6% — Cray Linux, 3.6% — RHEL, 0.6% — Scientific Linux, 0.4% — Ubuntu Kylin,

  • Минимальный порог пиковой производительности для вхождения в Top500 вырос за полгода со 165.1 до 204.3 терафлопсов, а для Top100 — с 715 до 917 терафлопсов. Система, замыкающая нынешний рейтинг, в прошлом выпуске находилась на 369-ом месте;
  • Суммарная производительность всех систем в рейтинге за полгода возросла с 361 до 420 петафлопсов (три года назад было 162 петафлопса). В настоящее время 81 кластер демонстрирует производительность более петафлопcа (в прошлом рейтинге — 68);
  • Общее распределение по количеству суперкомпьютеров в разных частях света выглядит следующим образом: 212 суперкомпьютера находится в Америке (246 в предыдущем списке), 174 в Азии (ранее 107) и 108 в Европе (ранее 141);
  • Распределение по количеству суперкомпьютеров в разных странах:
    • США: 199 (231 в прошлой редакции рейтинга);
    • Китай: 109 (37);
    • Япония: 37 (39);
    • Германия: 33 (37);
    • Великобритания: 18 (33)
    • Франция: 18 (27)
    • Индия: 11 (11);
    • Южная Корея: 10 (9);
    • Россия 7 (8);
    • Саудовская Аравия 6 (6);
    • Швейцария 6 (5);
    • Бразилия: 6 (6);
    • Канада: 6 (6);
    • Польша 5 (7);
  • В качестве процессорной основы лидируют CPU Intel — 89% (было 86.2%), на втором месте — IBM Power — 5.2% (было 7.6%), на третьем — AMD — 4.2% (было 4.6%);
  • 30.4% (41%) всех используемых процессоров имеют восемь ядер, 23% (17.4%) — 12 ядер, 16.2% (15.6%) — десять, 14.2% (10%) — шесть, 8.6% (9.4%) — 16 ядер, 3.4% (2.6%) — 4 ядра, 2.8% — 14 ядер (2.6% ), 1% — 32 ядра (0.8%), 0.4% — 18 ядер (0.4%). Двух- и одноядерные системы не входят в рейтинг;
  • 104 из 500 систем (в прошлом рейтинге — 88) дополнительно используют ускорители или сопроцессоры, при этом в 68 системах задействованы чипы NVIDIA (было 48), в 29 — Intel Xeon Phi (было 29), в 3 — GPU AMD (было 4), в 4 используются гибридные решения (было 4), в 2 — PEZY-SC (было 3);
  • Среди производителей кластеров на первом месте компания Hewlett-Packard 31% (35.6%), на втором месте — Cray 13.8% (14.2%), на третьем месте — Sugon 9.8% (1%), на четвёртом — IBM 9% (18.2%), на пятом — SGI 6.2% (5.8%).

Пятёрка лидеров:

  • На первом месте находится кластер Tianhe-2, работающий в национальном суперкомпьютерном центре Китая. Tianhe-2 включает в себя 16 тысяч узлов, укомплектованных двумя процессорами Intel Xeon IvyBridge и тремя процессорами Xeon Phi, то есть данный кластер в сумме содержит более трёх миллионов процессорных ядер. Tianhe-2 достигает в тесте Linpack производительности 33.86 петафлопс, что почти в два раза больше, чем могут обеспечить занимающие второе и третье места кластеры Titan (17.590 петафлопс) и Sequoia (17.173 петафлопс). Производительность одного Tianhe-2 близка к суммарной производительности всех систем, представленных в 34-м выпуске списка самых мощных суперкомпьютеров (ноябрь 2009 г.). Интересно, что в качестве операционной системы в кластере Tianhe-2 используется Ubuntu Kylin — китайская редакция Ubuntu Linux.
  • На втором месте — кластер Titan, используемый национальной лабораторией Оук-Ридж (США). Titan построен компанией Cray и включает в себя 18688 16-ядерных процессоров Opteron 2.2 ГГц и столько же 14-ядерных вычислительных ускорителей на базе GPU NVIDIA Tesla K20x (общее число ядер CPU и GPU — 560640).
  • На третьем месте — кластер Sequoia, внедрённый в Ливерморской национальной лаборатории. Sequoia базируется на платформе IBM BlueGene/Q и содержит 1 572 864 ядра процессоров Power.
  • На четвёртом месте — созданный компанией Fujitsu японский кластер K computer, использующий 705 024 ядра процессоров на базе архитектуры SPARC64.
  • Пятое место в рейтинге занял кластер Mira (США) на базе платформы IBM BlueGene/Q.

В ближайшее время будет выпущен альтернативный рейтинг кластерных систем Graph 500, ориентированного на оценку производительности суперкомпьютерных платформ, связанных с симулированием физических процессов и задач по обработке больших массивов данных, свойственных для данных систем. Также будет опубликована новая редакция рейтинга Green500, в который включаются наиболее энергоэффективные суперкомпьютеры. В Green500 в качестве критерия эффективности учитывается отношение LINPACK FLOPS к потребляемой мощности в ваттах.

Организация Linux Foundation представила OpenHPC, стек приложений для Linux-кластеров

Организация Linux Foundation объявила о создании нового совместного проекта OpenHPC Collaborative Project. Среди участников совместного проекта отметилось большинство известных производителей специализированных кластерных систем, ведущих мировых научных лабораторий и суперкомпьютерных центров, а также такие компании как Cray, Dell, Fujitsu, Hewlett Packard, Intel, Lenovo, NEC и SUSE.

В рамках проекта началось развитие открытого стека приложений OpenHPC, нацеленного на предоставление готовых пакетов для быстрого построения окружений для организации высокопроизводительных вычислений. OpenHPC можно рассматривать как репозиторий, предоставляющий набор готовых для установки пакетов, необходимых для развёртывания и управления высокопроизводительным кластером на базе Linux. В состав OpenHPC входят инструменты для автоматизации управления конфигурацией и установки обновлений, утилиты для управления ресурсами, библиотеки ввода/вывода, системы мониторинга, инструменты для разработчиков, средства для организации параллельных вычислений и набор различных библиотек для научных работ.

Ожидается, что унификация окружения для построения кластеров позволит сократить расходы на разработку и установку высокопроизводительных систем, обеспечит наличие стабильной эталонной платформы с широкими возможностями тестирования и непрерывной интеграции, поможет формированию стабильного и всесторонне проверенного программного стека, а также предоставит возможность поставки протестированных компонентов, настроенных для достижения оптимальной производительности в различных областях применения.

Уже доступен первый релиз OpenHPC 1.0, в рамках которого подготовлено 255 пакетов, предназначенных для установки поверх штатного дистрибутива CentOS 7.1. Для сборки пакетов используется инструментарий Open Build Service. Развёртывание кластера сводится к установке на первичном сервере CentOS, подключении репозитория OpenHPC и установки пакетов ohpc-base, ohpc-warewulf и ohpc-slurm-server для развёртывания кластера. Далее, созданный первичный сервер используется для формирования базового образа для узлов и его загрузки на остальных серверах, входящих в кластер.

Cеминар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности»

Продолжает свою работу семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности». Очередное заседание состоится в понедельник 16 ноября в конференц-зале НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ (http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=place).

Напоминаем, что если у вас нет пропуска в МГУ, и ранее (осенью 2015 г.) вы не предупреждали о своем желании посещать семинар, необходимо не позднее 12 ноября (четверг) сообщить свое полное ФИО письмом ученому секретарю семинара (sct@parallel.ru) с темой «Проход в МГУ на семинар». Это нужно сделать только один раз, в дальнейшем ваше ФИО будет вноситься в списки на проход автоматически в течение семестра. Обращаем внимание, что проход будет разрешен только через южный вход Второго корпуса МГУ и только во время работы семинара.

Программа семинара 16 ноября 2015 г., 16:30

  • Лущекина С.В., с.н.с. ИБХФ РАН
  • Немухин А.В., проф., заведующий лабораторией химической кибернетики Химического факультета МГУ
  • Варфоломеев С.Д., член-корр. РАН, научный руководитель ИБХФ РАН, зав. кафедрой Химической энзимологии Химического факультета МГУ

«Совместное использование суперкомпьютерного моделирования и экспериментальных методов для решения биохимических и биомедицинских задач»

В докладе будут рассмотрены примеры совместного использования генетических, биохимических, физиологических и суперкомпьютерных методов исследования в рамках решения общей биомедицинской задачи при разработке лекарственных препаратов для терапии болезни Альцгеймера и миастении гравис, исследованиях молекулярного полиморфизма человека.

Как обычно, с 16:00 — чай, кофе.

Программа, дополнительная информация о докладах, списки литературы: http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=item001

Обновление HPC Village: доступ к гибридной HPC-системе для разработчиков Open Source

Объявленный два года назад проект по развитию гибридной системы высокопроизводительных вычислений HPC Village от сообщества Openwall продолжает своё существование, и был недавно обновлен. Благодаря спонсору, компании Sagitta HPC, в основном сервере добавился NVIDIA GTX Titan X, самый производительный GPU на архитектуре NVIDIA Maxwell.

Теперь в одной системе одновременно доступны, в том числе при желании даже из одной программы, четыре архитектуры GPU (NVIDIA Maxwell, NVIDIA Kepler, AMD GCN, AMD VLIW5), Intel MIC (Xeon Phi) и многоядерные CPU (два 8-ядерных Intel Xeon E5-2670), в том числе все из них как OpenCL-устройства (а также через специфичные для них средства разработки, включая CUDA для NVIDIA GPU и OpenMP offload для Intel Xeon Phi). Хотя в реальных гетерогенных вычислительных системах наличие более чем двух типов вычислительных устройств в рамках одного узла является нетипичным, такая конфигурация удобна для ознакомления с различными технологиями, для их сравнения на конкретных задачах, и для разработки, отладки и оптимизации переносимых (portable) программ.

Помимо основного сервера, доступ также может быть предоставлен к дополнительным (и чаще меняющимся) небольшим системам, на данный момент включающим Intel AVX2, Intel HD Graphics (с настроенным и работоспособным «драйвером» OpenCL), AMD XOP, AMD GCN 1.1, NVIDIA Fermi, процессоры на не-x86 архитектурах (ARM, MIPS64, Epiphany), платы FPGA (ZedBoard с Xilinx Zynq 7020, ZTEX 1.15y с четырьмя Xilinx Spartan-6 LX150).

Как и два года назад, доступ предоставляется посетителям проводимой в Москве в ноябре конференции по информационной безопасности ZeroNights (независимо от их участия в Open Source), а также Open Source разработчикам со всего мира (независимо от их участия в ZeroNights).

Семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности» 19 октября 2015 г.

Автор: Евгений Мортиков

Продолжает свою работу семинар «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности». Очередное заседание состоится в понедельник 19 октября в конференц-зале НОЦ «Суперкомпьютерные технологии» МГУ (http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=place).

Напоминаем, что если у вас нет пропуска в МГУ, и ранее (осенью 2015 г.) вы не предупреждали о своем желании посещать семинар, необходимо не позднее 15 октября (четверг) сообщить свое полное ФИО письмом ученому секретарю семинара (sct@parallel.ru) с темой «Проход в МГУ на семинар». Это нужно сделать только один раз, в дальнейшем ваше ФИО будет вноситься в списки на проход автоматически в течение семестра. Обращаем внимание, что проход будет разрешен только через южный вход Второго корпуса МГУ и только во время работы семинара.

Программа семинара 19 октября 2015 г., 16:30

Немухин А.В., проф., заведующий лабораторией химической кибернетики Химического факультета МГУ

«Суперкомпьютерное моделирование молекулярных процессов в белках»

В докладе будут представлены результаты моделирования химических и фотохимических процессов в белковых макромолекулах. Основной инструмент подобного моделирования — численное решение уравнений квантовой механики — молекулярной механики (КМ/ММ), что немыслимо без использования современных суперкомпьютеров.

Как обычно, с 16:00 — чай, кофе.

Программа, дополнительная информация о докладах, списки литературы:
http://agora.guru.ru/display.php?conf=sct&page=item001